Pusat Pengajian Islam ini menggunakan kaedah pengajian pra tahfiz dan sistem pondok tradisional iaitu sebuah sistem pendidikan yang tersendiri dan unik. Sistem talaqqi (menadah kitab) merupakan sistem utama yang diamalkan. Di sini, guru-guru dan ustaz bukan setakat sebagai seorang tenaga pengajar, akan tetapi sebagai qudwah (teladan) bagi pelajar-pelajar, di samping sebagai penasihat dan pembimbing pelajar tersebut sepanjang masa. Perkara ini berterusan sehinggalah pelajar tersebut mampu untuk membaca kitab sendiri seterusnya mampu mengajar dan keluar sebagai seorang guru/ustaz yang baru untuk mengembangkan sistem pondok ini khususnya dan Islam amnya.
Sistem ini menggunakan dua kaedah:
1.Teori:
- Belajar kitab dengan guru-guru dan para asatizah.
- Mengulangkaji pengajian dengan senior atau mempelajari dan bermuzakarah kitab-kitab yang tidak diajar.
2.Amali:
- Amalan-amalan harian.
- Pelajar mengikut arahan guru/ustaz.
Selain itu kelas dibahagikan kepada:
1. Untuk pelajar (akan menduduki peperiksaan).
2. Untuk mustami' (pendengar, tidak akan menduduki peperiksaan).
3. Umum untuk penduduk setempat.
Kitab-kitab yang diajar:
•Kitab Jawi
•Kitab Arab
•Tiada pengajian akademik
TEMPOH DAN JANGKA MASA PENGAJIAN:
Sistem pengajian pondok ini tidak mempunyai tempoh tertentu. Ini disebabkan sistem pengajian pondok lebih kepada menitik beratkan kemampuan pelajar itu menerima setiap pelajaran serta kemampuan mereka terhadap pelajaran tersebut. Oleh yang demikian pelajar yang benar-benar mampu sahaja akan menghabiskan pengajian dengan lebih cepat. Walau bagaimanapun mereka yang tidak mampu mengikuti pelajaran tersebut mungkin perlu mengulangi pelajaran sehinggalah mereka benar-benar mampu. Walaupun begitu, pihak kami menghadkan sekurang-kurang pengajian disini hendaklah selama lima tahun keatas. Kemudian pelajar diberi pilih sama ada mahu terus belajar dan berkhidmat di Pusat Pengajian Islam atau meneruskan pengajian ke tempat lain.
HALA TUJU:
Setelah lima tahun belajar disini, pelajar boleh memilih menyambung pengajian dalam bidang agama atas perbelanjaan sendiri ke Pusat Pengajian Pondok yang lain:
Dalam Negara - seperti Pondok Pasir Tumbuh dan Pondok Gelang Mas di Kelantan, Pondok Wakaf Tapai dan Pondok Langkap di Terengganu, Pondok Lanai dan Pondok Az-Zuhdiah di Kedah atau Pusat-Pusat Pengajian Pondok yang lain di Malaysia.
Luar Negara – Pondok-Pondok Pattani di Selatan Thailand, Pondok Pasantren di Indonesia, Rubat-Rubat Habaib di Hadhramaut, Yaman dan Khalawe-Khalawe Tahfizul Quran di Sudan.
